El ecoturismo es una de las actividades más importantes en Comondú, principalmente en su región costera. En la bahía de Magdalena, cada año se recibe la visita de las ballenas grises en su periodo de apareamiento; tiene privilegiados sitios para su avistamiento como las islas de Magdalena y Margarita; el puerto de San Carlos o el puerto Adolfo López Mateos.
Del lado del Mar de Cortés, las principales islas son Habana y San Diego, en donde también se cuenta con servicios turísticos necesarios para visitas y recorridos. Visitar las islas en ambos mares es una experiencia única pues muestra la diferencia entre las aguas del océano y las de un mar cerrado, ambas fascinantes.
Hay otras maravillas naturales en las costas de Comondú, como las grandes colonias de aves migratorias y residentes en la isla de los Patos y en la Laguna de San Isidro; las costas, esteros y manglares de San Carlos y López Mateos, o la espectacular belleza de la bahía de San Juanico. Algunas de estas zonas son áreas naturales protegidas. En todos estos lugares se cuenta con los servicios de recepción, atención y guía a los turistas.
Tierra adentro, Comondú tiene enormes atractivos, como: el fértil valle de Santo Domingo; la misión y oasis de San Luis Gonzaga, o los pueblos originarios de San José y San Miguel, ocultos en una hermosa cañada al centro de la Sierra de la Giganta, en los que el tiempo se detiene. En todos ellos hay servicios turísticos básicos.
La industria y los servicios turísticos están en continuo crecimiento. La oferta hotelera y de restaurantes es suficiente para temporadas bajas, pero en las altas suele saturarse. La mayor parte de los hoteles se encuentran en Ciudad Constitución y San Carlos, aunque en todos los sitios turísticos comienzan a surgir alternativas ecoturísticas. Es conveniente reservar con antelación, sobre todo en los casos de vacaciones o fines de semana largos.
Para las visitas, en la costa y la montaña, se recomienda contar con los servicios de guías especializados y prestadores de servicios autorizados que conocen la naturaleza, logística y lineamientos de cada zona; por ejemplo, los lugares permitidos para navegar, las distancias a las que hay que estar de ballenas y aves, la prohibición de uso de ciertos productos, etcétera.
Las visitas a los santuarios de aves y a las áreas naturales protegidas se pueden contratar en el mismo lugar, o bien, también pueden contratarse con prestadores de servicios turísticos en Ciudad Constitución en tours que incluyen la transportación.
Para los recorridos turísticos por la zona costera se recomienda portar ropa fresca y ligera y sombrero o gorra, protector solar biodegradable, y la cámara fotográfica siempre lista. Hay que estar preparados para los eventuales chubascos.
El calzado deberá ser siempre cómodo pues los trayectos son extensos; para las visitas a las áreas de naturaleza se prefiere el calzado abierto, sandalias o huaraches.
Las botellas con agua serán una buena compañía en estos recorridos, aunque hay un gran número de tiendas y expendios que ofrecen diversos servicios, alimentos, artesanías, materiales turísticos, etcétera.
Es conveniente llevar una muda de ropa, traje de baño, toallas, protector solar biodegradable, agua embotellada y el dinero, teléfono o documentos en paquetes impermeables o de plástico, herméticamente cerrados.
En diferentes puntos de la visita se pueden desarrollar actividades como natación, senderismo, paseos en lancha o kayak, pesca deportiva, o avistamiento de aves, por lo que hay que estar siempre preparados.
Durante la segunda mitad del año hay que estar atentos a la eventual presencia de huracanes. Los grandes fenómenos meteorológicos pueden afectar no únicamente las zonas costeras, sino también la parte central de la península, ya que esta zona está recorrida por cauces secos que bajan de la Sierra de la Giganta y que se transforman en torrentes.