Puerto Morelos, el clima es tropical, cálido húmedo, con lluvias en el verano. Se ubica en la costa oriental de la península por lo que es influenciado por las corrientes marítimas calientes del Golfo de México; aunque se presentan lluvias durante todo el año, son más abundantes en el verano, muchas veces en forma de chubascos y, ocasionalmente, tormentas tropicales.
Su temperatura promedio es de 26° centígrados. En el mes de junio comienza la temporada de ciclones y huracanes, que afecta a toda la costa norte y centroamericana del Océano Atlántico; sin embargo, los meses que se ven más afectados por estos fenómenos climáticos son los de septiembre y octubre.