Magdalena de Kino fue fundada por el sacerdote jesuita Eusebio Francisco Kino, en 1687, como la misión de Santa María Magdalena de Buquibaba, y conservó ese nombre hasta 1966 cuando se adoptó el nombre de su fundador. Todo en Magdalena recuerda al Padre Kino.
Desde su fundación, fue una de las misiones más importantes del largo camino misionero que el Padre Kino emprendió desde el centro de México hacia el norte de California. Fue tan trascendente la misión de Magdalena en la labor del Padre Kino que sus restos se conservan en su cripta, con un mausoleo que lo recuerda y es un lugar de peregrinaje. El Museo Padre Kino narra su incansable labor misionera y presenta interesantes objetos arqueológicos e históricos, de los indígenas y los misioneros.
Además del templo de Santa María Magdalena, otros de los atractivos de este pueblo mágico son: la Plaza Monumental, que es el corazón de la ciudad, rodeada por los principales edificios civiles; el Palacio Municipal, y sus murales con la historia de Magdalena; el Corredor Turístico, con una gran actividad artesanal; la Plaza Juárez, con agradables restaurantes y cafés; la Casa de la Cultura, con exposiciones temporales del arte regional; o la casona de Don Miguel Latz, curiosa construcción de la que se dice parten túneles subterráneos que recorren toda la ciudad.
Por su clima caluroso, para los recorridos se recomienda portar ropa fresca y ligera y sombrero o gorra, además de bloqueador solar, pues gran parte de los trayectos son en plena exposición a los rayos solares.
El calzado deberá ser siempre cómodo pues los trayectos pueden extenderse; en el caso de recorrido por la zona urbana es preferible el uso de zapatos cerrados, y para las visitas a los alrededores y áreas de naturaleza, se prefiere el calzado abierto, sandalias o huaraches.
Las botellas con agua serán una buena compañía en estos recorridos; hay un gran número de tiendas y expendios que ofrecen diversos servicios, alimentos, artesanías, materiales turísticos, etcétera.
Magdalena de Kino es una ciudad primordialmente turística. Cuenta con una infraestructura básica, desde las vías de comunicación hasta los establecimientos de hospedaje y alimentos. Hay hoteles y restaurantes en todas las categorías, con hoteles boutiques o mesones y hostelerías modestas.
De la misma manera, la oferta de los restaurantes es amplia y variada, desde establecimientos sofisticados hasta lugares de deliciosa cocina regional en los mercados. Sin embargo, en ocasiones de fiesta, fin de semana largo o vacaciones, puede resultar insuficiente, sobre todo, si se quiere hospedar en algún hotel en especial o comer en un sitio específico, por lo que es recomendable reservar con suficiente tiempo.
Como en todo Sonora, los cortes de carne de Magdalena son célebres en todo el país. No se puede visitar este pueblo mágico sin probar sus tradicionales cortes, ya sea al estilo americano, o bien en machaca, picadillo, etc., acompañados por una copa de bacanora. Es la combinación perfecta.
En las afueras de Magdalena hay otros sitios de gran interés como: las misiones cercanas, en especial la misión de San Ignacio de Caborca; el Cerro de la Virgen, camino a Santa Ana, en el que, en una pequeña ladera se encuentra pintada la imagen de la Virgen de Guadalupe y es motivo de devoción de todos los lugareños; la Sierra de Cucurpe, con pinturas rupestres y parajes ideales para el senderismo, el campismo y el contacto con la naturaleza.
Uno de los principales atractivos de Magdalena de Kino es su privilegiada ubicación geográfica: cerca de la frontera con los Estados Unidos, y próxima a algunas de las maravillas naturales del estado de Sonora, como las costas al Mar de Cortés o El Pinacate, el enorme desierto que ocupa gran parte del territorio sonorense. Son más de 700 mil hectáreas de dunas y arena. Magdalena de Kino es un sitio adecuado desde el cual partir a cualquier exploración en el desierto.
También desde Magdalena se puede viajar hacia Puerto Peñasco, uno de los grandes desarrollos turísticos de los últimos tiempos en Sonora. Ubicado en las costas del Mar de Cortés, Puerto Peñasco es un lugar que conjunta los atractivos naturales con una gran oferta de servicios turísticos. Para llegar desde Magdalena hay que tomar la Carretera Federal 2, que va a Caborca y, más adelante, entroncar con la Carretera Federal 8, que lleva a Puerto Peñasco.